2023 EFTA nominatsioon - mängufilmi; režissööri kategoorias
2023 Kultuurkapitali 2022. aasta peapreemia audiovisuaalse kunsti valdkonnas – Jaak Kilmi – mängufilmi „Tagurpidi torn“ eest
2015 Pärnu Rahvusvaheline Dokumentaal- ja Antropoloogiafilmide Festival - parim Eesti dokfilm – „Kristus elab Siberis“
2012 Eesti Kultuurkapitali Audiovisuaalse kunsti sihtkapitali Eripreemia: Kiur Aarma, Jaak Kilmi, Erik Moora, Tõnis Leht – lühifilmisarja "Allveelennud" eest
2011 Eesti Kultuurkapitali Audiovisuaalse kunsti sihtkapitali Aasta dokumentaalfilmi preemia - Jaan Tootsen ja Jaak Kilmi – filmi "Uus maailm" eest
2011 Eesti Filmiajakirjanike Ühingu aastaauhind Neitsi Maali – filmi "Uus Maailm" eest
2010 peaauhind (Neformati võistlusprogramm), SRÜ ja Baltimaade filmifestival "Kinošok", Anapa – filmi "Disko ja tuumasõda" eest (kahasse Kiur Aarmaga)
2010 parima täispika dokumentaalfilmi auhind, XXIII Riia rahvusvaheline filmifoorum "Arsenāls" – filmi "Disko ja tuumasõda" eest (kahasse Kiur Aarmaga)
2010 auhind "New Vision Award 2010", Rooma sõltumatu filmifestival – filmi "Disko ja tuumasõda" eest (kahasse Kiur Aarmaga)
2010 XII Eesti Filmi Päevad - Eesti filmi teenetemärk – Hõbepääsu
2009 Eesti Kultuurkapitali aastapreemia – mängulise dokumentaalfilmi "Disko ja tuumasõda" eest (kahasse Kiur Aarmaga)
2009 FIPRESCI auhind (parim Balti film), XIII Tallinna Pimedate Ööde filmifestival – filmi "Disko ja tuumasõda" eest (kahasse Kiur Aarmaga)
2009 parim Eesti film, XXIII Pärnu rahvusvaheline dokumentaal- ja antropoloogiafilmide festival – filmi "Disko ja tuumasõda" eest (kahasse Kiur Aarmaga)
2009 parima täispika dokumentaalfilmi auhind Silver Eye, Jihlava rahvusvaheline dokumentaalfilmide festival, Tšehhi – filmi "Disko ja tuumasõda" eest (kahasse Kiur Aarmaga)
2009 parim dokumentaalfilm, XXV Varssavi rahvusvaheline filmifestival – filmi "Disko ja tuumasõda" eest (kahasse Kiur Aarmaga)
2009 teine koht (Balti võistlusprogramm), Vilniuse dokumentaalfilmide festival – filmi "Revolutsioon, mida ei tulnud" eest
2009 peaauhind (Neformati võistlusprogramm), SRÜ ja Baltimaade filmifestival "Kinošok", Anapa – filmi "Revolutsioon, mida ei tulnud" eest
2009 "Alpe Adria Cinema" (parima dokumentaalfilmi auhind), Trieste rahvusvaheline filmifestival, Itaalia – filmi "Revolutsioon, mida ei tulnud" eest
2007 parim Eesti film, XXI Pärnu rahvusvaheline dokumentaal- ja antropoloogiafilmide festival – filmi "Müümise kunst" eest
2005 Eesti Filmiajakirjanike Ühingu aastaauhind Neitsi Maali – mängufilmi "Kohtumine tundmatuga" eest
2004 Vienna Laboratory eripreemia, XVII Riia rahvusvaheline filmifoorum "Arsenāls" – mängufilmi "Sigade revolutsioon" eest
2004 Hõbedane Püha Jüri (žürii eriauhind), XXVI Moskva rahvusvaheline filmifestival – mängufilmi "Sigade revolutsioon" eest
2004 Eesti Filmiajakirjanike Ühingu aastaauhind Neitsi Maali – filmi "Elav jõud" eest (kahasse Sulev Keeduse mängufilmiga "Somnambuul")
2003 Eesti Kultuurkapitali auhind parimale dokumentaalfilmile – filmi "Elav jõud" eest
2001 režiipreemia, rahvusvaheline Kaukaasia reklaamfilmide festival, Gruusia – Jaak Kilmi ja Kaido Veermäe filmile "Laen hansapangast" (Rudolf Konimois Film)
2000 žürii diplom, SRÜ ja Baltimaade filmifestival "Kinošok", Anapa – filmi "Inimkaamera" eest
2000 peaauhind, alternatiivfilmide festival "Pulss", Tartu – filmi "Inimkaamera" eest
1999 Wunderkind Prize, tudengifilmide festival, See-Süchte, Potsdam-Babelsberg, Saksamaa – filmi "Külla tuli" eest
1999 peaauhind, Oberhauseni rahvusvaheline lühifilmide festival, Saksamaa – filmi "Külla tuli" eest
1999 Prix des Etudiants Film d'École Européen in Premiers Plans, Angers, Prantsusmaa – filmi "Külla tuli" eest
1997 žürii grand prix ja noore režissööri preemia, Poitiers' rahvusvaheline filmifestival, Prantsusmaa – filmi "Külla tuli" eest